位于东(⌛)京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的(😋)这座(📄)都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力(🔘)Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园(🐖)都市的学(📖)生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消(🗳)除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评(🎉)价为(💊)名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降(🗨)的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界(💖)的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被(🏗)卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解(💞)决双方事件(🍜)的过程中，他的人际关系(🌟)也逐步扩展。之后，魔法一方的十(😪)字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不(🦏)断出现。那(📨)些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！