柯南和小五郎(🕔)等拉着大队，来到位于太平(🌵)洋中(🤰)的(🏫)美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古(😏)代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝(⛳)物的猎人，不料其中(🚐)一(🚒)人突然遭鲨鱼攻击，不幸(👏)身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
　　柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因(🍈)，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中(📙)。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后(🚻)，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏(🔛)！小(😱)兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年(🍭)时(🥚)光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题