在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码(🚅)世界和人类世界(🚔)的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中(🌾)生，没有(🥟)太多(💁)精力和时间能够和数(🉐)码宝贝们一(🛑)起并肩作战(🈲)，只有阿武和小光成为(🧢)了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(🤶)（木内玲子 配音）、井之上京(📋)（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在(🔇)第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始(🈁)了同邪恶势力的(🥇)作战……