21世纪初，人类将多数(🎊)人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人(📵)类只得再度返回地球(🔒)。而长距离(🤷)亚空间航行所引发的时空(😰)歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的(📗)地球”。在这个地球，主人公·(🎦)晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与(🥍)埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋(🚿)划了20年的“对哥(🌷)斯拉战术”，通过殊死战(👦)斗(🥐)成功击倒了哥斯拉。
　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超(🎇)过10万吨，在进化成这种姿(🚹)态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人(🥩)落花流水。
　　拯救(🛣)了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚(🌫)娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被(🔑)火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类(💕)的双手夺回地球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的指挥(💧)官·加(🍿)尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·(🌭)纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在(🔛)富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质(🧤)所构成。这正是当时的开发设备至今(🏌)仍然残存的证明——。