故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高(👩)度的(♈)网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验(🥃)到全新(👦)的决斗而狂(🎨)热。可是(🆒)在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客(🛵)行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们(😟)的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样(😃)的(🌼)威胁时，有(😜)一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海(🌓)诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」(💰)和「海诺因骑士(🐓)团」都想(🌲)要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突(🥁)然消声匿(💷)迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为(🏖)了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「(🏷)海(🥩)诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以(🆓)及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案(🐷)，都在「Link Vrains」(⏹)中