故事的舞台是互联网系统发达的都市(🍟)「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑(🛰)而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为(💁)体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中(👁)却出现了利(🌴)用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集(⚓)团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的(🐣)世界=电子(🤚)界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决(🐞)斗将「海诺(⌛)因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救(👾)了世界，然(💀)后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作(😛)为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出(🌸)现的「海诺因骑士团」(🛏)展开了(🍓)追击(🙃)...... 以此为契机，命运的齿轮(🐸)就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目(🐃)的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———(🎁)所有的(🐐)答案，都在「Link Vrains」中