故事的舞台是互联网系统发达(✡)的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业(♉)「SOL技术社」通(👨)过高度(🦀)的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为(💏)的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世(💎)界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的(🤧)威胁时，有一名(🦏)决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇(🛴)的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和(🔲)「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯(🙌)救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名(🔲)远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中(🆕)生藤木游作，为了寻找过去发生的某件(🚅)事件的真(🐷)相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开(🍬)了追击...... 以此为契(🛩)机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真(📣)身，「海(🖐)诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中