故事的舞台是(🚞)互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高(♐)度的网络技术构(🐹)筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的(🚢)决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」(🖍)中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们(👅)的目标是将存在于互联网的某处的(❓)“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威(⛪)胁时，有(🕯)一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将(🔫)「海诺因骑士团」打(🕡)倒，成功捕获(⛔)了「SOL技术社」和「海诺因骑士(✔)团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为(🍝)了寻找(😪)过去发(🍏)生的某件事件的(🕕)真相，对再次在「VRAINS」(🕛)出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命(♉)运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团(👯)」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——(💩)—所(🌓)有的答案，都在「Link Vrains」中