故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术(😪)社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在(🏓)那个VR空间中(🛐)为体验到全新的决斗而狂热。可是在「(🎇)LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是(🛂)将存在于(🥙)互联网的某处的“AI们的世界=电子界(🏉)”毁灭。然而在世界受(🐗)到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用(💀)压倒性的决斗将「海诺因骑(😊)士团(👡)」打(🌑)倒，成功捕获了「SOL技术社」和「(💏)海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网(👬)的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传(🕜)说。而现在，作为「Playmaker」(🐺)的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海(👋)诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之(🚂)AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——(🦐)—所(🏓)有的答案，都在「Link Vrains」中