故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」(🍩)通过高(🍁)度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空(📭)间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的(🤜)“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一(🚜)名决斗(🎒)者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中(🔩)，「Playmaker」使用压倒性的(🚓)决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然(🔚)消声匿迹了，而他的(🐦)名字就在互联(💛)网的世界中一瞬间变得声名远播(😲)，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某(🥕)位高中生(🏭)藤木游作，为了寻找过去(📄)发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此(🍔)为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相(🔴)到底是—(🥖)——所有的答案，都在「Link Vrains」中