故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社(⏰)」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到(📲)全新的决斗而狂热。可(📕)是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电(🔵)子界”毁灭。然而在世界受(🥫)到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来(🐉)。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」(👩)和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一(🗻)度拯(🍤)救了世界，然后(🌓)却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得(👨)声名远播，成为了(🍮)传说。而现在(🥀)，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对(📻)再次在(🤐)「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展(👡)开了追击...... 以此为契机，命(🍯)运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「(🔺)Link Vrains」的目的，以及隐藏(🎞)在游作过去(🧡)的真相到底是———所有(😿)的答案，都在「Link Vrains」中