故事的舞台是互联网系统发达的(❎)都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社(👛)」通过高(💉)度的网(🥓)络技术构筑而成的(😗)被称为「LINK VRAINS」(📔)的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗(⛓)而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的(🕋)目标是将存在于互联网(🤘)的某(👂)处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传(😕)奇的战斗中，「Playmaker」使用压(🦍)倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技(🛥)术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的(👫)迷之AI程序。一度拯救(🎢)了世界(🏭)，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的(🥞)正体的某位高中生藤木(🤐)游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团(🛥)」(🤣)盯上「Link Vrains」(🥒)的目的，以及隐藏在游作(💒)过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中