故事的舞台是互联网系统(✨)发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「(🌡)SOL技术社」通过高(🌒)度的网络技术构筑而成的(🔖)被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个(🏣)VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用(🔇)决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决(🎌)斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那(😕)场传奇的战(🍇)斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑(🚎)士团」打倒，成功(♌)捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士(🚐)团」都想(🏝)要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在(♉)互联网的世界中一瞬间变得声名(🛒)远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体(🌙)的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的(🌪)某件事件的真相，对(😺)再(🚍)次在「VRAINS」出现的「海诺(😥)因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运(🕓)的齿轮就此转(🚽)动……迷之AI的真身，「海诺因骑士(🐡)团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中