故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的(👷)决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」(😎)中却出现(🍎)了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客(🌠)集团「海诺因骑士团」。而他们的(👬)目标是将存在于(👉)互联网的某处的“AI们的世界(👓)=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名(🕶)决斗者站了出来。而他(👨)的名字正是(🍶)「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「(👎)Playmaker」(🏠)使用压倒性的(🔶)决斗(🤡)将「海诺因骑士团」(🕓)打倒，成功捕获了「SOL技(🐤)术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契(💒)机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「(🚜)海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的(🍲)真相到底是(🖤)———所有的答案，都在「Link Vrains」中